核磁共振检查脑颅可以判断有没有脑梗死、脑炎、脑部肿瘤等疾病，还有颅脑的先天发育异常、颅脑外伤等问题，尤其对于脑白质的脱髓鞘疾病、脑白质病变的诊断都有十分特殊的优势，并且核磁共振的头部检查在临床上应用非常的广泛。
无论来源于神经、血管、淋巴管、肌肉、结缔组织的肿瘤、感染、变性病变等，皆可做出较为准确的定位、定性的诊断。
纵隔内的肿物、淋巴结以及胸膜病变等，可以显示肺内团块与较大气管和血管的关系等。
子宫肌瘤、子宫其它肿瘤、卵巢肿瘤，盆腔内包块的定性定位，直肠、前列腺和膀胱的肿物等。
骨内感染、肿瘤、外伤的诊断与病变范围，尤其对一些细微的改变如骨挫伤等有较大价值，关节内软骨、韧带、半月板、滑膜、滑液囊等病变及骨髓病变有较高诊断价值。
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